东京东渡线地铁开通当天，发生了针对东京都知事朝仓优一郎的炸弹袭击，导致东渡线列车受损。经过一番推理，柯南等人认定这与八年前由朝仓主持的北知泽大坝建设有关。为了修建大坝，朝仓动员北知泽村的人搬入新村，但很多人直到最后阶段仍在抵抗。为了查明，柯南、芦原(めぐみ林园配音)、少年侦探团和理查德·摩尔(小山理

在一个阳光明媚的日子里，江户川柯南(高山南配音)，毛利小五郎(小山力也配音)，小兰(山崎和佳奈配音)和男孩 侦探小组一起来到京都。他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验下海的感觉。在此期间，他们还认识了一位美丽又有些神秘的女自卫队员藤井启海(柴云星配音)。但欢乐的气氛很快被恐慌所取代。军舰上突然发现一