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在古色古香的京都，一场奇妙的爱情之旅正在进行。春天，黑发少女踏上夜行寻找假电白兰地，学长却被从天而降的锦鲤惊呆；夏天，女生在二手书市寻找心爱的童年绘本，而学长面对残酷的火锅地狱；秋天，背上红鲤鱼的女孩化身不倒翁公主，在学院节的舞台上遇到了扮演倔强国王至死的学长。冬天，拿着梦感冒药的姑娘了寒神，和学长
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由松本丽卡配音的、由配音的小刚和由寇配音的，踏上了走遍天下的求学之旅，终于在山沟里跋涉到了目的地。小镇上有一座象征时空的时间塔，塔下将举行新一轮的神奇宝贝比赛。小智一行人走错了路，却结识了当地美女爱丽丝(加藤配音)。紧张的战斗和快乐的玩耍，却没有意识到危险正在悄悄逼近。小智被达克莱伊这个噩梦般的幽灵
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怀着成为神奇宝贝大师的目标，(松本丽卡配音)、小刚(配音)和(寇配音)带着他们的神奇宝贝在世界各地刻苦学习。肖志一行在当地一对兄妹的介绍下，去参观了寺庙遗址。谁知却遇到了极其危险的情况。，掌管时间的迪亚鲁加和守护神殿的西娜(北奈きぃ配音)和凯宾(岸本配音)帮助了他们，能和神奇宝贝交流的西娜也扑灭了冥