小美和她的父亲斯诺登博士一起住在绿色原野。有一天，医生偶然得到了一个神秘的木块，下落不明，留下小美一个人孤独的生活。小美 不经意排列在木刻版上的s字变成了有力的 "未知图腾 "。为了抚慰小梅 s孤独的心，不知名的图腾营造了一个美丽的幻境，让小美深深沉浸其中。随着时间的推移，小梅 的故居被水晶包围，变

小智(松本李翔配音)来自真心镇，他的目标是成为神奇宝贝的顶级训练师。在培训师 的旅程，他没有 因为迟到了，所以没有得到最初的《神奇宝贝》动画系列的第20部电影。本片剧情改编自《《神奇宝贝！就决定是你了！》》系列动画第一集，讲述了肖智和皮卡丘 成为风中奇缘大师的冒险。

由松本丽卡配音的、由配音的小刚和由寇配音的，踏上了走遍天下的求学之旅，终于在山沟里跋涉到了目的地。小镇上有一座象征时空的时间塔，塔下将举行新一轮的神奇宝贝比赛。小智一行人走错了路，却结识了当地美女爱丽丝(加藤配音)。紧张的战斗和快乐的玩耍，却没有意识到危险正在悄悄逼近。小智被达克莱伊这个噩梦般的幽灵

当代欧奇希斯(欧洲的下一代)变成防御型并继续激烈战斗时，拉卢斯广播系统告诉所有人紧急避难。市民听到广播后惊慌失措，纷纷撤离。这时Dio又变成了攻击模式，对空间释放了攻击。电台继续向公众呼吁这不是演习，而小超则对逃离的人群感到不解，为什么戴鸥还活着。小超在避难时，遇到了悲伤的正电拍拍。小超一看到神奇宝

肖志(松本梨香配音)一行人在海上遭遇了危险的风暴，滞留在奥兰群岛的亚洲岛上，那里即将举行一场热闹的大型庆典，而肖志却在一次意外中遇到了庆典的圣人(平松晶子配音)。弗洛拉选择了小智作为 "指挥家 "庆祝活动。他的任务是去三圣岛，找到藏在岛上的玻璃球。只有收集到三个玻璃球，庆典才能正式开幕。就这样，小智

肖志(松本梨香配音)和他的一行人继续他们磨练技能的旅程，他们来到了奥卢德朗城，那里正在举行纪念一百年前阻止战争的勇敢者亚伦的仪式。小智勇敢的带着皮卡丘(Ikue tani配音)出征，最终以巨大的实力获得了第一名，并获得了珍贵的宝物 "勇敢者之杖。然而，肖智没有想到的是。;万万没想到的是，传说中的神奇

在卡洛斯地区，有一个和谐宁静的地下王国————钻石王国。调皮可爱的仙女公主蒂安希(松本真香配音)深受喜爱。然而，她没有。;t似乎没有能力保住维系王国运转的神圣钻石，于是她在长老们的指引下出发去寻找传说中的仙女哲尔尼亚斯(三田佳子配音)。由于她能制造钻石，蒂安希遇到了玛丽莲(由足立梨花配音)、忍者神偷

在千年一遇的彗星之夜，愿望会实现...决心成为优秀的神奇宝贝训练师，小智，梅和萧声开始了与皮卡丘的新旅程。为了观看千年彗星的出现，我来到了——·基拉祈，在茧中沉睡了数千年的神奇宝贝，可以帮助人类实现愿望。在千年彗星的夜晚，如果你遇到一个心灵纯净的伴侣，你就会醒来。为了唤醒基拉祈，巴特勒要求萧声成为基

怀着成为神奇宝贝大师的目标，(松本丽卡配音)、小刚(配音)和(寇配音)带着他们的神奇宝贝在世界各地刻苦学习。肖志一行在当地一对兄妹的介绍下，去参观了寺庙遗址。谁知却遇到了极其危险的情况。，掌管时间的迪亚鲁加和守护神殿的西娜(北奈きぃ配音)和凯宾(岸本配音)帮助了他们，能和神奇宝贝交流的西娜也扑灭了冥

小智(松本梨香配音)、小刚(上田祐治配音)和小霞(饭冢雅弓配音)在平时的游学之余，来到水之都奥多马雷参加了激动人心的水上赛跑。奥多马雷流传着一个奇妙的传说。很久以前，岛上的一对老夫妇收留了一对孤儿兄妹。当恶灵出现时，两兄弟姐妹变成了强大的神奇宝贝拉帝欧斯和莱提乌斯。他们打败了的灵魂，并给了奥多摩尔人