1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時，地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM，人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統，投入戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰爭中渡過了七年。      

在一个每个角落都被探索过的世界里，唯一剩下的秘密是——洞穴 "艾比斯 "。我不 它不知通向哪里，一个深不见底的巨大纵向洞穴，居住着奇妙而奇怪的生物，有珍贵的文物可以 现在不是人类制造的了。艾比斯 s不可思议的姿态吸引着人们，驱使他们去冒险。就这样，多次挑战大洞穴的冒险者们，他们获得了 "洞穴探险者和

在南极冰层深处，一队地质学家发现了一个古老的纳粹实验室，至今完好无损，那里曾进行过一次黑暗的实验。为了征服世界，纳粹创造了会飞的改良鲨鱼，它们的骑手是基因突变的不朽超人。一个名为 "死肉四 "(一名复活的美国士兵在越南阵亡)被召来防止世界崩溃。

新治Ikari，罪魁祸首的 "第三次冲击，已经变得像个废人了...真嗣能振作起来吗？继2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了封印故事的后续。