「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現了，

之前照顾翔一的心理医生国枝东突然拜访他，与此同时，最强UNKNOWN－Beetle Lord出现，翔一变身为燃烧型态迎战。但因为燃烧型态的力量过于强劲，翔一无法自控并且袭击国枝。袭击过后的翔一十分失落，为了开解翔一，国枝道出了自己的一段过去……