在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。            

自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。                

　　寻找101体〈Chemi〉！　　新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！　　【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！　　101张卡片进行形态变换！？　　高中生・一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。　　围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！

在放学的路上，好女孩光子(特林德尔·玲奈饰)乘坐的公交车突然被一阵风切成了两半。光子只是俯下身去捡东西，所以她活了下来，而邱和其他伙伴都从上半身被切掉了。惊慌失措的女孩向公路奔去，一路上目睹了无数人被神秘的风杀死的惨状。突然，她仿佛置身于灾难发生前的时光。惊魂未定的光子和邱等伙伴一起上学，但随之而来

因为她的特殊能力，一个叫龚的女孩被雇佣兵追杀。在逃亡的路上，她碰巧遇到了出身忍者世家的石东禄。这些忍者一直过着隐居生活。石东露花和她的祖父冰卫，忍者家族的首领，决定为宫殿提供庇护，但当他们看到他们的父亲被雇佣兵杀害的宫殿时，他们一心想复仇。