人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在

在一个不祥的夜晚，四条的射线侵入了避难所，以迅雷不及掩耳之势击倒了许多黄金圣斗士。新人是一个神圣的天使，为堕落天使路西法工作。在神话时代，路西法试图凌驾于众神之上，最后被投入冥界。他带着恐怖和的想法复活了。路西法在波塞冬、爱丽丝和的支持下，在全世界掀起了一系列的灾难，人类的命运危在旦夕。为了拯救人类