故事发生在NIMH(美国国家智力研究中心)的一群老鼠身上，人们用这些老鼠进行智力开发等实验。实验进行得很顺利，老鼠们都拥有和人类相似的智力，所以他们打算逃跑，但是在这个过程中，一只勇敢的老鼠死了.....但这不是这部电影的故事，而是主人公老鼠 不顾危险，他的妻子保护了她的孩子。家里的小老鼠得了重病，

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前间谍雅各布·基恩(Jacob Keane)被拉回到国际间谍的阴暗世界，当时他的前搭档玛尔塔(Marta)在17年后重新出现，她的记忆被抹去，正在逃离两个致命的心理变态刺客。