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在 "第二次冲击袭击世界的大灾难，世界在废墟上重建。14岁的男孩Shinji Ikari被他的父亲钱叫到东京第三新城。他以为他能见到他的父亲，但是他看到了一个巨大的生物，名叫 "使徒 "和一起战斗。在危急的情况下，NERV特工处的葛城美里救出了信治，并把他带到了NERV ;美国总部。然而，这是父亲
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在回娘家的路上。;的坟墓，信二(由绪方惠美配音)和三户葛城(由小藤光配音)受到了第七使徒的攻击。在，2号飞机像一根竹子一样击败了对手，信二结识了2号飞机的操纵者博明日香朗利(段丽阳宫村配音)。与沉默寡言的绫波丽(由林原惠美配音)不同，明日香自信甚至傲慢。在和信治相处的日子里，他和对方开了很多玩笑。他
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新治Ikari，罪魁祸首的 "第三次冲击，已经变得像个废人了...真嗣能振作起来吗？继2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了封印故事的后续。