故事发生在星际学院十年黑组，是一个由十二名顶级刺客组成的神秘班级。这一次，让他们走到一起的是一个名叫一之濑晴(金元寿子配音)的普通女孩，她是这十二个无情刺客的共同目标。尽管成为众矢之的，但Sunny依然信心满满，她的理想只有一个，就是活到毕业那天。东兔角(诹访彩花配音)是十二之一，也是最老的前辈之一

阿笠博士 的浴室坏了，于是江户川·柯南(由配音)和小兰(由配音)以及海原爱(由饰演)一起去了公共浴室。柯南不小心滑倒撞到了头，被两个神秘的陌生人带走。一番混乱之后，天才骗子娜娜(深见梨加配音)和神秘近藤(香川照之配音)带着失忆的柯南来到一处僻静的别墅，假扮他的父母，而跟踪近藤的阿笠博士和阿什遭遇了严