故事将从沉睡在大窝的远古化石开始，将它们变成巨大的怪物，前往东京。人类视之为天灾，只有怪物才注意到，开始担心未来。这样下去，世界就灭亡了。能挡住这种现象的是埼玉县宗泽市的小学生渡边师兄，他继承了传说中的怪物猎人 的血统。被视为拯救世界的勇者的少年和卷入其中的怪物展开了一场大冒险。